契約不適合責任、ふつうの人はあまり聞きなれない言葉ですね。
瑕疵担保責任という言葉がありまして、
それが2020年に民法が改正
契約不適合責任になりました。
厳密にいえば
瑕疵担保とは隠れたる傷
と言う意味ですが、契約不適合とは隠れていなくても問題になります。

不動産売買で売主、買主が個人のケース。

買主が契約不適合を知った時から１年以内に、売主に通知しないときは、買主は契約不適合を理由として、履行の追完請求、代金の減額請求、損害賠償の請求及び契約の解除をすることが出来ません。
（民法566条）
ただし、売主が引き渡しの時にその不適合を知り、又は重大な過失によって知らなかったときは、この限りではありません。（民法566条但し書き）

となっていますが、知った時から1年以内というと、2年後とか5年後に知った時はどうするのでしょう？
その知った時から1年後では3年後、6年後に契約不適合を相手に主張することになりますよね。

現実の不動産売買では引渡しから3ヶ月以内という条件で契約書を交わしていることが多いです。
このようにしておかないと民法の知った時から1年が適用されてしまうからではないかと思われます。

一般人の感覚で言えば、引越しすれば、雨漏りやシロアリの害、地盤沈下などに気がつくでしょ？
不具合があれば3ヶ月以内に言ってくださいよ。
という意味なのではないでしょうか。

中古マンション、中古住宅、土地売買でも安心して取引するためには
何かあった時のためにこのような条項でお互いを守る意味があるのでしょう。

もちろん、建物が古すぎて契約不適合責任はなし、とお互いが納得すれば合意する場合もあるかと思います。